Die Planung von US-Geheimgefängnissen in Marokko, Rumänien und in einer Stadt im ehemaligen Ostblock wurde laut „New York Times” von einer CIA-Versorgungsbasis in Frankfurt am Main aus koordiniert. Über Flughäfen und US-Militärbasen in Deutschland wurden CIA-Folterflüge und Gefangenentransporte durchgeführt. Beispielsweise, so „Die Zeit”, ist Abu Omar 2003 aus Italien über die US-Airbase in Ramstein nach Ägypten verschleppt worden.

Der BND, das BKA und das BfV waren nach Medienberichten auf diversen Ebenen am System der US-Geheimgefängnisse beteiligt. Die Behörden haben Namen mutmaßlicher Terroristen und weiteres durch Abhörmaßnahmen gewonnenes Material an die CIA weitergegeben. Das BKA hat, so Schäuble im Bundestag, in Guantánamo und Syrien Befragungen durchgeführt. Bundeswehrsoldaten der KSK bewachten US-Geheimgefängnisse in Afghanistan. Über die Situation in den Lagern waren sie informiert. Sie beteiligten sich laut Murat Kurnaz auch an den Misshandlungen der Internierten.